消毒是氯衍生物的消毒方法之一，由于消毒作用缓慢，它不能作为基本杀菌消毒剂 ，曾一度停用，但由于能避免或减缓氯与水中有机污染物质的某些化学反应，从而使消毒后水中氯化副产物的生成量显著降低，消毒被广泛认为是控制消毒副产物形成的有效手段。
根据资料，出厂水采用消毒，卤的产生量减少，三卤的产生量减少，投加已为越来越多的供水公司所认同，有更多的水厂又重新采用了消毒法，在控制管网中细菌的再次繁殖和生物膜也比氯更为有效，然而消毒对水中的贾第虫和隐孢子囊的去除效果却不能够令人满意，一般认为，对于严重污染且有机卤化物含量较高的源水 或水厂的供水管网较长，水流在管中停留时间大于12天时，比较适合采用消毒。
改善消毒前水质：为除去原水中90 %的前体物，将混凝剂用量、pH及搅拌条件控制在适宜水平即可，而一般碱式AlCl3会比新型聚合铝絮凝剂去除效果差。另一行之有效的方法是采用生物氧化活性炭吸附及化学氧化等水质深处理工艺， 降低水中有机污染物。由于随水中pH变化，含量及致突变活性都会随之降低.
优化水处理工艺流程：在未除去原水中的有机物前，次加氯的实施，往往会增加氯化副产物的含量， 所以消毒前应在净化过滤后的水中进行，加氯点越后越好。对于取消预氯化工艺后藻类生长及清洁滤料的问题，可以采用CuSO4、其他氧化剂或通过氯水间歇冲洗构筑物等方法来解决。
臭氧具有三大作用：杀菌作用、氧化作用、协助砂滤去除金属盐类及有机物。
泳池室内特殊臭味的化合物在水中的积累，通过臭氧极强的氧化作用，能以比氯高出百倍的反应速度分解有机物，有效的防止了氯与尿素化合成。不断的阻断这些前驱物的生成，使游泳池的水清澈、空气减少了异味、眼睑及鼻膜没有刺激，同时也氧化THM的前驱物，使THM大大降低，给爱好游泳运动的人们建造了安全舒适的环境。
