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食品检验项目服务于检验目的，并且可以根据检验目的对食品检验项目进行某些选择。有些选择显而易见。例如，许多综合蔬菜市场配备的“快速检测室”通常主要用于检测农业残留物。为什么不检查蔬菜表面的菌落总数？一方面，微生物指标的食品检测门槛较高，包括设备和时间，没有人会等48小时才得到一捆生菜等食品检测结果。另一方面，大多数细菌会在清洗和高温烹饪过程中被。清洗和高温处理前的菌落总数没有参考值。因此，需要高温蒸煮的农产品和食品原料不具备测试菌落总数的充分和必要条件。
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食品检测安全是关系到每个家庭和每个人的重要基本生活问题。加强监管和提高食品检测行业的质量是实现食品安全状况持续稳定改善的根本基础。食品检验作为食品检验安全的重要组成部分和关键环节，意义重大。霉菌和酵母在自然界中非常常见。霉菌会破坏食品检测，破坏食品的颜色、香气和味道，降低食品检测的食用价值。
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近年来，随着国外检验机构的出现，国内食品检验机构在建筑材料检验和微生物检验方面面临信任危机。一般来说，我国出具的报告很少得到国外的认可，因为国外认为我国的食品检验机构有太多的人工操作和人为干预，这使得食品检验数据有很多人为因素。为了避免这个问题，国内许多实验室都在检查和实施LIMS系统。LIMS在中国出现较早，通常用于石油、石化、制药和其他制造业的实验室。然而，第三方食品检测机构的实施早就属于药品检测行业。LIMS系统先后在沪、穗、京、大药检所实施，并已正式投入运行。其他行业的第三方食品检验机构也在积极调查。
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