厌氧反应器的原理是利用微生物的代谢作用分解有机物，生成甲烷气等可再生能源，同时还可以消化臭氧、工业废水等有机废物。在厌氧反应器中，微生物主要分为两类：产甲烷菌和消化细菌。产甲烷菌负责将有机物转化为甲烷气，而消化细菌则负责将有机物分解为更小的分子，以便于甲烷生成。通常，一种良好的微生物群落可以同时固定有机物、去除氮磷、抑制病原菌，从而获得高度的有机废物消化和生态效益。