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主要是通过4大作用机制实现的——拮抗、重寄生、竞争、诱导增强抗性。
所谓拮抗，指的是哈茨木霉菌的分泌物（分泌的一些抗生素）能够抑制中有害病菌的定植、繁殖、生长和分解病菌细胞壁、阻止病菌向作物的侵染扩散，从而达到抑菌杀菌防治病害的作用；
所谓寄重生，指的是哈茨木霉菌通过接触、缠绕、穿透、寄生在病菌表面而吸取病菌体内的养分，从而达到抑菌杀菌防治病害的作用；
所谓竞争，指的是哈茨木霉菌通过快速繁殖扩散（哈茨木霉菌繁殖能力和对恶劣环境的适应能力比枯草芽孢杆菌强太多了）的方式，在土壤中快速形成菌群数量优势，从而通过与土壤中病菌强力竞争水分、养分、空间、氧气等方法，从而达到削弱、抑制、排斥、杀死病菌的病害防治效果；
所谓诱导增强抗性，指的是哈茨木霉菌的分泌物（分泌的一些生物酶等活性物质）可以刺激作物自己主动启动和增强防御系统（分泌合成具有抗病能力的酚类化合物、木质素等物质），从而增强作物对外部病菌侵染的抵御能力。
应用方面：哈茨木霉在农业生产中主要用于植物病害的防治和植物生长的促进，可以应用于不同的作物生产中。