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2023-10-02 15:00  浏览:48
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lncRNA测序

长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指长度大于200 nt的RNA,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以RNA形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。腺病毒包装原理介绍腺病毒是一种没有包膜的直径为79-90nm的颗粒,由252个壳粒呈二十面体排列构成。

长链非编码RNA测序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度,对富集到的 RNA进行文库构建,再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。近年来,分子生物学检测技术的方法学研究取得了进展,先后建立了各种分子生物学检测技术。lncRNA-Seq可一次性获得样本中全部的lncRNAs信息,对lncRNAs的类别、功能进行的深入分析,从而快速准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)相关 lncRNA信息。

凝胶阻滞迁移电泳检测服务(EMSA)

凝胶迁移或电泳迁移率实验(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)是一种研究DNA/RNA结合蛋白和其相关的DNA/RNA结合序列相互作用的技术,可用于定性和定量分析。全转录组测序全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下所有转录产物的总和,包括mRNA和各种noncodingRNA。依据实验需要,设计标记探针、非标记探针、蛋白特异性抗ti等参照物,基于DNA-蛋白质或RNA-蛋白质复合体在聚bing烯酰胺凝胶电泳(PAGE)中有不同迁移率的原理,当转录因子与特异的DNA或RNA结合后,其在PAGE中的迁移率将小于未结合核蛋白转录因子的DNA,从而检测到活化的与DNA或RNA结合的蛋白转录或调节因子。

二、使用说明

1、装载探针

对于刺激时间较短(通常为2小时以内)的细胞,先装载探针,后用活性氧阳性对照及自己感兴趣的刺激细胞。对于细胞刺激

时间较长(通常为6小时以上)的细胞,先用活性氧阳性对照及自己感兴趣的刺激细胞,后装载探针。

原位装载探针:本方法仅适用于贴壁培养细胞。按照1:1000用无培养液稀释DCFH-DA,使终浓度为10微摩尔/升。去除细胞培养液,加入适当体积稀释好的DCFH-DA。目前常用的RNA干扰手段为miRNA、shRNA和siRNA等。加入的体积以能充分盖住细胞为宜,通常对于六孔板的一个孔加入稀释好的DCFH-DA的体积为1毫升。37℃细胞培养箱内孵育20分钟。用无细胞培养液洗涤细胞三次,以充分去除未进入细胞内的DCFH-DA。

7.如何检测引物的纯度?

答:实验室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的16%的聚酰胺凝胶进行电泳。取0.2-0.5OD的引物,用尿素饱和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到饱和,上样前加热变性(95℃,2mins)。分子实验介绍——印迹(Westernblot)检测通过SDS-PAGE凝胶将细胞或生物样品内的蛋白按照蛋白分子量从大到小规律分离开。加入尿素的目的一是变性,二是增加样品比重,容易加样。600V电压进行电泳,一定时间后(约2-3小时),剥胶,用荧光TLC板在紫外灯下检测带型,在主带之下没有杂带,说明纯度是好的。如果条件许可,也可以用EB 染色或银染方式染色。

而有的厂家提供Maldi-TOF质谱QC质量控制,从而保障了合成的准确率:

Bioneer使用多重Maldi-TOF质谱仪进行全自动装载及监测。 每份样品的质谱分析数据将自动插入到寡核苷酸的信息单中。转录组研究是基因功能及基因结构等研究的基础,通过新一代高通量测序,能够快速的获得某一物种特定组织或在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于临床诊断、基础研究和研发等领域。Bioneer是世界上仅有的几个对生产的每份核苷酸 (单个寡核苷酸和高通量和成) 都用MALDI-TOF质谱仪检测进行核苷酸QC检测的厂商,而且免费提供质谱数据。

8.如何计算引物的浓度?

答:引物保存在高浓度的状况下比较稳定。引物一般配制成10-50pmol/ul。 一般情况下,建议将引物的浓度配制成50pmol/ul,加水的体积(微升)按下列方式计算:V (微升)= OD数*(乘)33 *(乘)*(乘)20000 / (除) 引物的分子量。由于腺病毒的这些特点使其广泛地应用于体外基因转导、体内接种yi苗、和基因zhi疗等各个领域。引物的分子量可以从合成报告单上获得。如果需要配制成其他浓度,按上述公式换算。

注意:1 OD260= 33 ug/ml.

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